Meilleurs buteurs :
1. Habib Sissoko : 10 buts
2. Olivier Bogaczyk : 6 buts
3. Christophe Forest : 5 buts

La saison 2003-2004 :

L'année du retour dans le monde professionnel !

Saison haute en couleurs et en rebondissements pour le Stade Brestois. Après la décevante saison 2002-2003, Michel Jestin tente un pari fou en faisant venir d'Angoulême un nouveau manager général, Philippe Goursat, qui emmène dans ses valises des joueurs comme Christophe Forest, Rudy Giublesi, Mickaël Tronche ou encore le gardien Ghislain Chauray, ex-angoumoisin exilé au Portugal. Cette nouvelle orientation provoque le départ de la quasi-totalité du groupe de joueurs et de l'entraîneur : Sylvain Matrisciano est remplacé par l'ancien international Albert Rust, en provenance de Sète. Seuls Cédric Vanoukia, André Ottou, Yohann Boulic, Frédéric Cado, Olivier Bogaczyk et Jean-Luc Gautier sont conservés. Le groupe est donc totalement remodelé, mais la mayonnaise prend bien et le travail d'avant-saison se révèle payant puisque le Stade Brestois enregistre un début de saison tonitruant : 5 victoires consécutives installent le club dans le trio de tête pour une grande partie de la saison et forgent un moral d'acier au groupe. Mais une défaite à domicile contre le rival rémois devant près de 11000 spectateurs marquera le début d'une période difficile pour les Brestois. En effet, durant 7 matches consécutifs, les brestois se montreront incapables de s'imposer, Dijon et Libourne venant même gagner à Francis Le Blé. C'est le parcours irréprochable à l'extérieur qui maintiendra le bateau à flot en attendant des jours meilleurs. L'arrivée en cours de saison de nouveaux renforts défensifs dont l'impact s'est fait sentir immdiatement (Olivier Auriac, Bogdan Hriscu) ainsi que d'un nouvel attaquant (Mahamadou Dissa) a aussi permis au groupe de repartir de l'avant. La défense brestoise fut d'ailleurs la grande satisfaction de la saison et a constitué le socle sur lequel le club a bâti son parcours cette saison.

Le déclic viendra juste après la trêve. Jean-Luc Gautier, néo-capitaine et ancien ajaccien, annonce à ses coéquipiers à l'occasion du match de 16es de finale de Coupe de France face à Ajaccio qu'en cas de victoire en terre corse ils pourraient ambitionner le trio de tête en fin de saison. Le match se déroule à merveille, Brest l'emporte par 3 buts 1 et gagne le droit d'affronter le FC Nantes  la Beaujoire (défaite 0-4 à la suite d'un match agréable retransmis par TV Breizh au cours duquel les Brestois n'ont pas démérité).

Repartis du bon pied, le club enchaîne 7 matches sans défaites, avant de connaître à nouveau un épisode ajaccien à l'occasion du match retour en championnat : 7000 personnes prennent place au Stade Francis-Le-Blé et attendent en vain l'équipe corse, le match ne se déroulera pas faute de combattants. Une premireà ce niveau ! Après appel, la Fédération Française de Football impose de jouer le match, ce qui sera fait un mardi soir devant un public bouillant qui aide le Stadeà s'imposer 1 à 0 sur un but de Dissa. Ce soir là, Brest s'empare de la tête du classement pour la première fois depuis septembre et peut voir l'avenir sereinement.
Ironie du sort, c'est finalement à Angoulême, patrie de nombreux joueurs et du manager général, que le club obtient son ticket pour le professionnalisme sur un but de Sissoko à deux minutes de la fin du match, condamnant par la même occasion le club charentais à la relégation.

La fête fut belle le week-end suivant lors de la réception de Pau (victoire 1-0) entre les joueurs et le public si essentiel lors de cette saison bien particulière. Le club, la ville et les supporters ont pu fêter la montée durant une soirée inoubliable, une nuit dont l'intensité fut proportionnelle à la frustration accumulée par 13 années d'amateurisme.