Meilleurs buteurs :
1. Lesage (Le Havre), Savidan (Valenciennes) : 16 buts
3. M'Bodji (Créteil) : 14 buts
… Malm (8 buts), Sahnoun (6 buts), Liabeuf (4 buts), Tomou (3 buts) ...

Les intersaisons se suivent et se ressemblent pour le Stade Brestois : une nouvelle fois, un important contingent de joueurs quitte le Stade et le recrutement finistérien bat son plein. Fin juillet, 15 arrivées ont compensé 17 départs. Parmi ces derniers, Marc-Antoine Fortuné s'en va pour les Pays-Bas, Tony Heurtebis rejoint le FC Nantes et Laurent David signe chez le voisin plabennecois. Côté arrivées, pas de grands noms mais des profils intéressants, comme Adrian Aliaj, international albanais, Moustapha Salifou, international togolais, qui disputera d'ailleurs la Coupe du Monde en Allemagne, Cédric Liabeuf et Nicolas Sahnoun, un ancien bordelais qui vient de finir sa saison en seconde division espagnole à Almeria. Deux nouveaux gardiens de buts viennent garder les cages brestoises : Steeve Elana, gardien du SM Caen avec lequel il a connu la Ligue 1, et Julien Lachuer dont le club du SCO d'Angers est relégué en National.

Malgré cet impressionnant mouvement, les matches de préparation laissent augurer de belles choses, le groupe semble équilibré. Le club se fixe l'objectif d'occuper une place d'honneur en fin de saison. Le début de championnat s'avérera pourtant poussif. Les 4 premières rencontres sont au mieux frustrantes (0-0 à domicile contre Gueugnon), au pire très inquiétantes (1-4 à Bastia pour le compte de la 4e journée). Déjà sous pression, le Stade Brestois enregistre alors deux victoires consécutives contre Châteauroux et Clermont, sa saison semble enfin lancée. Et pourtant ! Il faudra attendre la 12e journée et le derby contre Guingamp pour retrouver le goût de la victoire. Sahnoun et Charpenet propulsent Brest vers un succès qui, cette fois, sera suivi d'effet. Car l'équipe joue mieux et s'est trouvé un leader technique en la personne de Nicolas Sahnoun. Lors de la 14e journée, le CS Sedan Ardennes, premier au classement, explose ainsi en rade de Brest devant une équipe en pleine réussite (4-1). Une victoire à l'extérieur à Dijon puis une nouvelle démonstration à domicile contre Grenoble (3-0) permettent même au club d'espérer faire une meilleure poule aller qu'en 2004-2005, en cas de victoire face au stade Malherbe de Caen pour la 19e journée. Inespéré ! Malheureusement une grave blessure va le priver de Nicolas Sahnoun durant tout le reste de la saison et l'équipe-type qu'Albert Rust avait enfin réussi à mettre en place ne s'en remettra jamais. A Caen, Brest prend l'eau (1-3) mais continue à espérer, à la 9e place d'un classement extrêmement serré.

Mais dès la fin janvier, on a compris qu'il faudrait batailler dur jusque la fin de saison, non pas pour accrocher une place d'honneur, mais tout simplement pour éviter la relégation. Trois défaites d'affilée mettent en effet les Brestois dans une position délicate. Curieusement, c'est dans le même temps que les rouges & blancs passent les tours de Coupe de France sans sourciller, écartant l'OGC Nice (L1) en 1/32e de finale sur le score de 3 à 0, puis Amiens en 1/16e de finale, 2 à 0. Un tirage favorable leur permet de rêver à un éventuel 1/4 de finale, il faudra pour cela écarter Calais, pensionnaire de CFA. Mais pour garder la tête à la Coupe il faut engranger les points en championnat. C'est chose enfin faite à Clermont grâce à un but de dernière minute de Pape Sarr (l'ancien Stéphanois est arrivé en Bretagne lors du mercato) mais il s'agit une nouvelle fois d'un succès sans lendemain. Après deux nouvelles défaites et deux nouveaux matches nuls, le Président Michel Jestin prend alors la décision de se séparer de son entraîneur afin de créer une nouvelle dynamique. C'est la première fois depuis son arrivée au club. Albert Rust plie donc bagages après deux ans et demi passés au club et une montée en Ligue 2 obtenue dès la première année. Il est remplacé temporairement par son adjoint, Miguel d'Agostino, avant que Thierry Goudet quitte le club de Grenoble pour venir tenter l'opération maintien dans le Finistère.

L'effet n'est pas immédiat. Les joueurs se serrent les coudes pour arracher le moindre point mais ne parviennent toujours pas à gagner. Deux immenses occasions de se mettre à l'abri sont gâchées face à la lanterne rouge sètoise (1-1) et face au FC Istres (0-0). Le match contre Sète est même une belle illustration de la saison noire du Stade : alors que Brest menait 1-0 au bout d'un quart d'heure de jeu, une pluie diluvienne contraint l'arbitre à reporter le match à une date ultérieure. Ce n'est pas non plus le point superbement acquis à Sedan (2-2) qui permettra au Stade Brestois de se maintenir. Il faut GA-GNER ! Au lieu de cela, Brest sombre totalement. A Lorient tout d'abord (0-5) puis à domicile face à Dijon (0-4). Deux coups d'assommoir qui font penser à tout Brestois que le coche a été manqué contre Sète et Istres. Dans la tourmente, Brest s'est aussi fait éliminer sans gloire de la Coupe de France par Calais (0-1 A.P.). Le rouleau compresseur Caennais se profile maintenant à l'horizon, nul doute que le groupe normand viendra à Francis le Blé pour marquer les trois points qui lui manquent pour atteindre l'élite. Fort heureusement, le groupe de Thierry Goudet trouve les ressources pour égaliser à Grenoble à la 87e minute par Christophe Forest. Ce petit point permettrait, en cas de victoire contre Caen et de défaite Clermontoise à Laval, d'assurer enfin le maintien en ligue 2.

Et le scénario rêvé s'est produit ! Onze Brestois remontés comme des pendules ont tenu tête à des Caennais pourtant très en jambe. C'est à nouveau le doyen Christophe Forest qui ouvre la marque, et Robert Malm qui double la mise, à chaque fois sur un excellent service de Liabeuf. Laval bat Clermont dans le même temps et Francis Le Blé exulte, un soulagement énorme submerge les joueurs qui ont pris part à la plus importante rencontre disputée par le Stade Brestois depuis son retour en Ligue 2. Enfin libérés, ils iront même chercher une dernière victoire à Gueugnon 8 jours plus tard. Une saison noire s'achève dans la douleur, on se demande même si ce n'est pas surtout la faiblesse des Sétois, Lavallois et Clermontois qui ont permis le maintien brestois.