La saison 2013-2014 :

Après une saison précédente agitée et terminée par une relégation en Ligue 2, l'intersaison est marquée par l'arrivée à la présidence du Stade Brestois 29 d'Yvon Kermarec qui succède à Michel Guyot. L'autre événément marquant est le retour comme entraîneur d'Alex Dupont, de retour aux commandes un peu plus d'un an après son éviction, en avril 2012. Avec un encadrement de la masse salariale et un recrutement contrôlé par la DNCG, les dirigeants brestois ont tout d'abord comme priorité de se défaire d'une partie de l'effectif de Ligue 1; objectif atteint avec les départs de Baysse, Licka, Kantari, Touré, Chafni, Soumah, Benschop, ...
Côté renforts, Brest s'efforce de recruter malin et enregistre les arrivées de Ramaré (Reims), Pérez (Grenoble), Verdier (GFCO Ajaccio), Moimbé (Tours) et les prêts de Pandor (Monaco) et Falette (Lorient).

Les interrogations sont nombreuses à l'aube de cette saison 2013-2014, une des questions étant de savoir comment les Brestois ont digéré leur calamiteuse saison précédente et la descente en Ligue 2.

Pour l'ouverture du championnat, Brest se déplace à Châteauroux et ramène le point du match nul, avec un score de 3-3. Ce match nul a un goût amer car Brest menait 3-2 à quelques minutes de la fin et a concédé trois buts face à un adversaire largement à sa portée.
La défense brestoise inquiète en ce début de saison car Brest se fait une nouvelle fois éliminer d'entrée en Coupe de la Ligue, avec une sévère défaite 4-1 face à Auxerre au stade Francis Le Blé.
Lors de la 2e journée de championnat, Brest bat Istres 3-1 au terme d'un match très animé et remporte ainsi une victoire au stade Francis Le Blé qui le fuyait depuis près de 9 mois, la victoire précédente remontant au 17 novembre 2012 contre Bastia.

L'accumulation des matchs se fait sentir et les Brestois concèdent deux défaites consécutives, 2-1 à Laval et 2-1 à domicile face à Créteil alors qu'ils menaient 1-0 à la pause.
Brest croit se rassurer en ramenant un bon match nul 1-1 de Tours, alors 3e au classement, mais, après deux semaines de trêve internationale, le retour au championnat est bien difficile car Brest est balayé à domicile 3-0 par Metz. Alex Dupont fustige alors son équipe, la jugeant ne pas avoir les qualités morales et techniques pour jouer le haut de tableau et déclare qu'il va falloir jouer pour ne pas descendre.

C'est déjà une opération commando qui est lancée pour le déplacement suivant au Havre. Solide derrière, réaliste devant, Brest s'impose 1-0 grâce à un but de Verdier.
Lors de la réception de Troyes, Alphonse effectue son grand retour après 18 mois d'absence pour blessure mais sort au bout de 13 minutes, à la suite d'un carton rouge. En infériorité numérique, menés 1-0, les Brestois font preuve de courage pour faire match nul 1-1.
Mais Brest reste trop irrégulier et s'incline 1-0 en toute fin de match à Arles-Avignon. A leur décharge, les Brestois étaient privés de plusieurs joueurs, entre blessés et suspendus.
Les choses ne s'arrangent pas et Brest passe complètement à côté de la réception de Niort et s'incline 1-0. Le déplacement à Clermont se termine sur une défaite sur le même score, un penalty litigieux concédé à la 89e minute. Brest n'avance plus au classement et le manque d'engagement inquiète.

Brest recule même et se retrouve à jouer un match à 6 points contre Nîmes, premier relégable. Le jeu brestois reste inquiétant, les joueurs manquent de combativité et il faut une erreur du gardien nîmois pour arracher le match nul 1-1 en toute fin de partie, après un penalty bêtement concédé à l'heure de jeu.
Juste avant la trêve, Brest obtient un bon 0-0 à Caen. Le Stade Brestois passe les fêtes en 15e position, avec seulement deux points d'avance sur le premier relégable, Istres.

En Coupe de France, Brest avait éliminé Sablé (CFA2) et Cherbourg (CFA) aux 7e et 8e tour et se voit offrir le Paris SG en 1/32e de finale. Brest va rater ce rendez-vous : le public boude l'affiche à cause d'une tarification excessive et les Brestois s'inclinent 5-2 face à un PSG qui joue sans forcer dans une rencontre qui ressemble à un match amical.
Pour la reprise du championnat, Brest perd 1-0 à domicile face à Lens. Les Brestois montrent plus d'envie que lors de leurs sorties précédentes mais se montrent incroyablement maladroits face au but. La situation ne s'arrange pas car Brest s'incline 3-1 à Istres, concurrent direct pour le maintien.
Face à Nancy, sur une pelouse rendue bien grasse par la pluie et le vent, les Brestois se battent  pour prendre un bon point du match nul, 0-0.

Mais Brest manque de continuité et sombre 3-0 à Dijon après une prestation qu'Alex Dupont juge affligeante. La situation au classement se détériore car les autres mal classés se battent et marquent des points. Brest chute alors jusqu'à la 19e place avec 4 points de retard sur le premier non-relégable.

La météo sur la Bretagne reste agitée en cet hiver et la rencontre Brest-Angers est reportée. Les tempêtes se succèdent sur la pointe bretonne mais la rencontre Brest-Auxerre peut tout de même se disputer. Tant mieux pour Brest, car les Brestois s'imposent, certes laborieusement, mais s'imposent sur le score de 1-0. Présent dans les tribunes lors de ce match, Oscar Ewolo, capitaine de l'équipe qui monta et se maintint deux fois en Ligue 1, revient bénévolement au club pour donner un coup de main, et apporter sa légendaire bonne humeur. Conséquence ou pas, Brest s'impose 1-0 au CA Bastia dans le duel des deux derniers au classement. Brest passe alors Laval qu'il reçoit le vendredi suivant. Menés 1-0, les Brestois renversent la situation et l'emportent 2-1. L'embellie brestoise se confirme avec un bon match nul 0-0 à Créteil. Brest sort de la zone rouge et s'apprête à affronter des équipes du haut de tableau. Mais plus rien ne semble arrêter les Brestois qui dominent Tours, 2-0, et battent ensuite Angers 1-0 en match en retard. Brest remonte alors en 11e position avec six points d'avance sur le premier relégable. A l'agonie un mois plus tôt, Le Stade Brestois s'est métamorphosé et est redevenu une équipe solide.

Seul le leader messin parvient à mettre un terme à cette série de matchs sans défaite; Brest s'incline sur la plus petite des marges, 1-0, à Saint-Symphorien. Après le match nul concédé contre Le Havre, 1-1, à domicile, alors qu'un coup d'arrêt aurait pu être craint, Brest va plutôt repartir de plus belle et s'impose 2-0 à Troyes, bat ensuite Arles-Avignon 2-0. Brest bascule alors dans la première partie de tableau et assure son maintien. Mieux, en allant gagner à Niort, Brest revient à portée de tir du podium : avec cinq points à reprendre sur les cinq dernières journées, un espoir un peu fou de jouer la montée semble naître. La victoire 2-0 contre Clermont permet à Brest de continuer à espérer. Mais, en concédant le match nul 1-1 à Nîmes, ce rêve s'envole.
La fin du championnat reste néanmoins intéressante car Brest apparaît en arbitre pour la montée et la descente.
A Francis Le Blé, face à Caen, Brest court toute la partie après le score et doit s'incliner 1-0 mais cette rencontre fut très animée et Brest aurait mérité mieux. Le vendredi suivant, Brest se rend à Félix Bollaert pour y affronter Lens. Un match nul suffit à Lens pour valider son billet pour l'élite mais Brest va gâcher la fête prévue en s'imposant 1-0. Pour conclure le championnat, les Brestois s'imposent facilement 3-0 face à Châteauroux qu'ils condamnent au National.